Ярославская Духовная Cеминария – одно из старейших духовных учебных заведений в России. Открыта семинария в 1747 году святителем Арсением (Мациевичем), митрополитом Ростовским. Из стен ЯДС вышло 17 архиереев, в том числе 1 митрополит, 5 архиепископов и 9 епископов. Наиболее известны среди выпускников: великий подвижник благочестия митрополит Киевский и Галицкий Филофей (Успенский, 1808 – 1882); прославленный миссионер архиепископ Варшавский Иоанникий (Горский, 1811 – 1877); просветитель индейцев Аляски епископ Кадьякский Иоасаф (Болотов) (1761 — 1798). В 1918 году семинария была закрыта, а здания переданы Ярославскому государственному педагогическому институту. С 1994 г. началась новая веха в истории ярославского духовного образования: было открыто Ярославское Духовное училища, которое в 2003 г. было переведено в г. Ростов Великий. В 2004 г. в бывших помещениях Ярославского Духовного училища начались занятия отделения теологии Ярославского государственного педагогического университета, руководство которым и преподавание большинства дисциплин осуществляли клирики Ярославской Епархии.
В 2006 г. определением Священного Синода Русской Православной Церкви Ярославское Духовное училище преобразовано в Духовную Семинарию, которая начала 2006/2007 учебный год в Ярославле, на Богоявленской площади, 4.
24 декабря 2007 г. Ярославская Духовная Семинария переехала в дом, некогда принадлежавший купцу и градоначальнику И.А. Вахромееву (площадь Челюскинцев, 12/4).

Администрация:
Ректор –Митрополит Ярославский и Ростовский Пантелеимон;
Первый проректор – иеромонах Агафангел (Шкуранков), г. Ярославль, ул. Площадь Челюскинцев, 12/4. Тел. 8-915-967-53-82;
Проректор по учебной работе игумен Августин (Неводничек), Ярославская обл., г. Ростов, Спасо-Яковлевский мужской монастырь. Тел. 8-910-82-88-444;
Проректор по воспитательной работе – иерей Димитрий Ильичев, г. Ярославль, ул. Площадь Челюскинцев, 12/4. Тел. 8-915-975-58-87;
Заведующий Сектором заочного обучения – иеродиакон Андрей (Кукушкин), Ярославская обл., г. Ростов, Спасо-Яковлевский мужской монастырь. Тел. 8-906-632-35-05;
Помощник ректора по административно-хозяйственной работе – протоиерей Олег Косолапов, г. Ярославль, ул. Площадь Челюскинцев 12/4. Тел. 8-962-204-42-94;
Заведующая Регентской школой при ЯДС – монахиня Георгия (Кислова), г. Ярославль, ул. Первомайская, д.21а. Тел. 8-905-133-10-38;
Секретарь Учёного Совета – протоиерей Валерий Добродеев, Ярославская обл., г. Рыбинск, ул. Фурманова д.17, кв. 523. Тел. 8-905-645-73-82.